El Museo de Ancón consta de un edificio acogedor de dos pisos, con una plaza como antesala a la entrada al Museo denominada Plaza del Arqueólogo, en el primer piso se ubicaba hasta hace poco la zona de gabinete y depósito de materiales arqueológicos que recientemente han pasado a convertirse en sala de exhibición del material que el Museo tenía en custodia y que ahora permitirán al publico visitante conocer mas profundamente la sociedad de Ancón; también cuenta con un Auditorio en el cual se exponen los dibujos de las investigaciones realizadas por los arqueólogos alemanes Reiss y Stubell y en el cual los niños de los diferentes colegios de Lima que llegan a visitar el Museo reciben charlas y a través de videos didácticos pueden complementar la información que les ha proveído las diferentes salas de exposición, así también en el primer piso se hallan las oficinas del Director y el área de gabinete donde trabajan los arqueólogos.

En el segundo piso se encuentra la principal sala de exposición permanente del Museo así como una amplia terraza que permite observar la ciudad de Ancón y el Balneario; en los meses de verano esta terraza se convierte en el lugar donde los niños llevan a cabo los diferentes cursos de danzas y actividades que el Museo impulsa como un acercamiento del Museo hacia la comunidad que permite que sus miembros más jóvenes se familiaricen con el Museo y su importancia.